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Situé sur le cours de la Surb, le village est mentionné pour la première fois en 798 sous le nom d'Entingas. Cependant, la région est colonisée depuis le néolithique comme en témoigne plusieurs trouvailles archéologiques de cette période et de l'âge du bronze. Dès le XIIIe siècle, le village est fait partie des terres des Habsbourg et est administrée par le bailliage de Siggenthal, puis par celui de Baden après 1415.

À partir du XVIIe siècle, une forte communauté juive s'installe dans la commune en raison de la proximité des foires de Zurzach et de Baden. La synagogue (construite en 1764, puis rebâtie en 1852) est encore le seul édifice religieux du village. Dès 1776, une loi fédérale restreint l'établissement des juifs en Suisse aux seules communes d'Endingen et de Lengnau. Le village est le théâtre de la Zwetschgenkrieg (en allemand guerre des pruneaux) du 12 septembre 1802, un pogrom contre la population juive.

Suite à la reconnaissance de la liberté d'établissement (en 1866) et de culte (en 1874) des juifs par le gouvernement fédéral, ceux-ci quittent progressivement la commune jusqu'en 1920. Principalement agraire, la commune abrite également une forte population de navetteurs qui travaillent à Baden.

Outre la synagogue, la commune d'Endingen abrite, à sa frontière avec Lengnau, un cimetière juif.

Dans la vieille ville, on trouve à plusieurs reprises une curiosité architecturale : bien que les juifs et les chrétiens ne vivent que rarement sous un même toit, il leur était interdit d'utiliser la même entrée d'une maison. Pour cette raison, un grand nombre de maisons ont été construites avec deux portes directement l'une à côté de l'autre.